电影《南京照相馆》描绘了一段动荡不安、充满黑暗却又不断抵抗的岁月。故事的主线围绕着一个在战争硝烟中艰难求生的摄影馆及其工作人员展开。随着日军的进驻，南京这座古老而繁华的城市陷入了无尽的苦难，而在这其中，一系列与照相馆相关的事件悄然上演。
1937年12月13日，南京沦陷。当日，第1213号邮差苏柳昌不幸被日军捕获，被迫协助日军军官伊藤秀夫洗印照片。被迫卷入敌人的残酷世界，苏柳昌迅速适应，为伊藤处理相片，并被指示两日内不得伤害。这个安排既是对苏柳昌技能的认可，又如在紧绷的神经上弹奏一曲生死未知的乐章。
与此同时，南京城中的各处都在上演悲剧。剧院内，林毓秀险些遭遇不测，幸得宋存义及时关掉电闸相救，与王广海携手化险为夷。结束后，苏柳昌回到照相馆，并与同事老金共同研究洗照片的技术，希望借此为日后的生存争取更大资本。
12月14日，洗印技艺得到伊藤的认可后，苏柳昌继续在照相馆工作。作为回报，伊藤提供了一些军用口粮。然而，日军的统治如同黑夜掠夺了白昼的光亮，让南京的每一个角落都弥漫着绝望的气息。做向导的王广海驾车带伊藤巡拍南京，期间记录下了骇人听闻的百人斩事件。
时间持续推进，12月16日、17日，日军举行入城仪式，伊藤凭借其职务之便，占据最佳位置，镜头下的景象每一帧都带着血与泪的记录。几日后，随着照相馆工作逐渐常态化，阿昌无意中接触到了日军屠杀的罪证照片。这一发现不仅打破了他的心理防线，更将他推向了道德的深渊。
12月末尾的几天，局势愈发紧张。日军实行大规模屠杀行动，连同池田等摄影师一道，成为了这场悲剧的记录者和见证者。最终，池田被宋存义杀死，英勇就义，揭开了日军在南京的滔天罪行。
故事在1937年的最后一天达到高潮。苏柳昌与林毓秀将偷运出的照片成功送入国际安全区，使南京被暴行的真相传遍世界，激起国际社会的强烈反应。然而，正义虽得以伸张，却付出了沉重的代价。在老金一家试图借通行证出逃时，终被发现并不幸遇难。
随着时间的流逝，南京照相馆成了一段悲痛历史的承载者。伊藤无法承受其行为带来的精神折磨，于1938年元月选择了自尽。然而，那些通过镜头记录下来的历史惨剧，如幽灵般提醒着人们不要遗忘。在这场隆冬中，人们再次看到真相痛苦而寒冷的模样。
总有些影像、些许记忆，纵隔千山万水，也不可磨灭。虽然南京陷落，和平仍望不可及，但抵抗的力量化作不息的希望，永远铭刻在时间长河之中。
